Komisja Bałkanistyki przy Oddziale Polskiej Akademii Nauk w Poznaniu powołana została w 1980 roku z inicjatywy wówczas docenta dr hab. Włodzimierza Pająkowskiego.
Celem jej jest integracja środowiska bałkanistów polskich reprezentujących różne dyscypliny naukowe, organizacja wymiany myśli naukowej oraz realizacja wspólnych projektów badawczych. Członkowie Komisji pochodzą z różnych ośrodków naukowych z terenu całego kraju (Warszawa, Kraków, Łódź, Szczecin, Słupsk, Olsztyn, Zielona Góra i oczywiście Poznań).
Komisja regularnie organizuje konferencję międzynarodową Balcanicum.
Kilka razy w roku odbywają się zjazdy członków Komisji połączone albo z krajowymi konferencjami lub warsztatami tematycznymi, albo z dyskusją roboczą związaną z przygotowaniem wspólnych projektów badawczych. W ostatnich latach w ramach wspólnych prac Komisji przygotowano Vademecum Bałkanisty.
Ponadto, wspólnie z Instytutem Historii UAM, Komisja wydaje czasopismo naukowe „Balcanica Posnaniensia. Acta et studia”.